В июле 1993 года А.Кажегельдин стал публичным политиком республиканского масштаба. Он выдвигает свою кандидатуру и на альтернативной основе избирается депутатом Верховного Совета РК. Главные пункты предвыборной программы А.Кажегельдина – демократизация политической системы, либеральные экономические реформы, борьба с преступностью.
В декабре 1993 года А.Кажегельдина назначили первым заместителем председателя Кабинета Министров Казахстана.
С октября 1994 года А.Кажегельдин – премьер-министр Республики Казахстан.
За время пребывания А.Кажегельдина в должности премьер-министра (1994-1997) Казахстан стал государством со стабильной национальной валютой, низкой инфляцией, независимой финансово-банковской системой, растущими золотовалютными резервами и крупным частным сектором в экономике. В течение трех лет правительство А.Кажегельдина провело приватизацию крупных объектов казахстанской промышленности, привлекло в республику миллиарды долларов иностранных инвестиций. Одновременно в республике укрепились позиции национального капитала, были заложены основы фондового рынка.
Успехи казахстанского правительства сделали А.Кажегельдина популярным в СНГ и на Западе. В 1996 году Институт Адама Смита (Лондон) присвоил ему звание “Реформатор года”.
Осенью 1997 года А.Кажегельдин по собственному желанию ушел с поста премьер-министра. Он работает над книгой, совершает ряд поездок по приглашению зарубежных общественных организаций, выступает как консультант международных финансовых институтов.
В марте 1998 года А.Кажегельдина избрали президентом Союза промышленников и предпринимателей РК. Пользуясь своей популярностью за рубежом, он привлек в республику гранты для реализации гуманитарных программ – поддержки малого и среднего бизнеса, борьбы с туберкулезом, компьютеризации школ. По инициативе Кажегельдина был учрежден благотворительный фонд “Родина”.
В этот период обнаружились расхождения в политических взглядах Акежана Кажегельдина и президента Назарбаева. Летом 1998 года в Алма-Ате была издана книга “Казахстан: право выбора”, в которой содержится критика существующей в Казахстане политической системы. А.Кажегельдин выступил за создание в стране гражданского общества, выборность и сменяемость власти, общественное участие в принятии государственных решений, за независимость судебной власти и свободу СМИ. Он сформулировал требование перехода от “мягкого авторитаризма” к полноценной демократии.
В сентябре 1998 года по заказу А.Кажегельдина и при поддержке фонда “Казахстан ХХ1 век” был разработан проект поправок в Конституцию и проект Закона о выборах РК. Однако эта инициатива не получила поддержки властей. Вскоре президент и парламент Казахстана приняли решение о проведении досрочных выборов главы государства. Одновременно в Конституцию РК был внесен ряд изменений, которые явно противоречили нормам демократии.
В знак протеста Кажегельдин в октябре 1998 года сложил с себя полномочия президента Союза промышленников и предпринимателей и внештатного экономического советника Н.Назарбаева.
8 октября А.Кажегельдин выступил с официальным заявлением о намерении выдвинуть свою кандидатуру на предстоящих выборах президента РК. По данным социологов, высокий политический рейтинг экс-премьера давал ему возможность эффективно конкурировать с Н.Назарбаевым.

В ответ власти развернули беспрецедентную кампанию против А.Кажегельдина. Были использованы все средства: от попыток дискредитации в прессе до организации покушения. В октябре 1998 года Медеуский районный суд города Алма-Аты приговорил Кажегельдина к штрафу за участие в учредительном собрании движения “За честные выборы”. На основании этого приговора Центральная избирательная комиссия РК отказалась зарегистрировать А.Кажегельдина в качестве кандидата в президенты.

Будучи отстранен от участия в выборах, А.Кажегельдин продолжает оставаться одним из самых известных политиков Казахстана. В декабре 1998 года по его инициативе в Москве состоялся Конгресс демократических сил РК, участники которого приняли решение создатьРеспубликанскую народную партию Казахстана (РНПК).
17 декабря 1998 года на учредительном съезде партии в Алма-Ате Акежан Кажегельдин избран председателем РНПК.